2007年8月，农业部批准依托西北农林科技大学在原农业部黄牛研究室基础上组建国家肉牛改良中心。2008年3月，国家肉牛改良中心正式启动运行。中心通过对肉牛遗传资源的搜集、评价、保护与利用，以及肉牛遗传改良过程中共性关键技术的联合攻关，为我国黄牛肉用改良、肉牛新品种（系）培育工作提供强有力的技术支撑。

2015年4月国家苹果改良中心杨凌分中心经农业部审定通过，成为陕西省唯一获批单位。中心以苹果改良为核心，充分利用我国丰富的苹果资源优势和区域生态多样性特点，进行西北野生苹果种质创新和改良，研究建立苹果砧木高效育种、矮砧集约栽培模式与无毒带分枝大苗培育技术体系，逐步建成世界一流的苹果改良分中心及国内外合作与交流的平台。

国家林业草原猕猴桃工程技术研究中心2021年6月由国家林业和草原局批准成立，依托单位为西北农林科技大学园艺学院，负责人刘占德教授。该中心是西北农林科技大学联合中国农科院郑州果树研究所、四川省自然资源研究院、湖北省农科院、湖南农业大学、贵州省果树研究所、江西农业大学等23家大学、科研院所及猕猴桃主产区的技术推广单位和猕猴桃龙头企业、合作社共同申报联合组建的。紧密结合我国猕猴桃领域的重大技术需求，以提升我国猕猴桃产业总体水平、巩固退耕还林成果、促进林区农民增收和保护生态环境为目标，以猕猴桃工程技术和产业化开发为手段，开展工程化科技研究与示范。研究、集成和完善相关科研成果；通过与企业对接合作，促进产品与技术产业化和商品化发展，全面提升工程技术和产品在猕猴桃生产领域中的应用效果，保障我国林业生态和猕猴桃产业体系的健康发展。

国家玉米改良中心陕西杨凌分中心2010年10月由农业农村部批准成立，依托单位为西北农林科技大学农学院，负责人为薛吉全教授。主要开展以下研究：一是作物种质创新与利用；二是杂种作物雄性不育的机理研究与利用；三是杂种作物杂种优势的机理研究、预测与利用；四是杂种作物优良新品种的定向遗传改良、选育与利用；五是杂种作物育种新理论、新方法、新技术研发及其品种产业化开发与利用。

动物高效新型疫苗陕西省高校工程研究中心2021年11月由陕西省教育厅批准成立，由西北农林科技大学动物医学院和杨凌金海生物技术有限公司共同建设，负责人黄勇教授。

粮油功能化加工陕西省高校工程研究中心2021年11月由陕西省教育厅批准成立，由西北农林科技大学食品科学与工程学院与长安花粮油股份有限公司、陕西金沙河面业有限公司共同建设，负责人于修烛。

现代牛业生物技术与应用国家地方联合工程研究中心2015年3月由发改委、陕西省共同批准成立，依托单位为西北农林科技大学动物科技学院，负责人为昝林森教授。主要开展以下研究：一是秦川牛肉选育、改良及秦川牛新品系（种）培育；二是肉牛生长发育调控及新型饲料的开发与研制；三是牛肉质量安全控制技术体系建立及特色肉制品开发；四是肉牛区域性网络化重大疫病预警系统建立及兽药开发；五是肉牛标准化繁育及产业化示范基地建设指导。

小麦育种教育部工程研究中心是由教育部批准成立的专门进行小麦遗传改良与育种研究和工程产业化开发的创新基地。主要任务是以国家粮食战略需求为目标，以小麦育种技术集成创新为核心，持续不断地为服务区域提供小麦育种工程化技术成果；不断更新有关小麦育种行业的技术标准、规范；促进国外引进小麦育种先进技术的消化、吸收和创新等。